Dentre os instrumentos de fiscalização por iniciativa própria, atinentes às competências do TCE, destacam-se as auditorias.

As auditorias examinam a legalidade e a legitimidade dos atos de gestão, quanto aos aspectos contábil, financeiro, orçamentário e patrimonial, bem como avaliam o desempenho dos órgãos, entidades, sistemas, programas, projetos e atividades governamentais, quanto aos aspectos de economicidade, eficiência e eficácia.

Além das Auditorias Operacionais (AOPs) e das Auditorias de Programas Governamentais Cofinanciados por Organismos Internacionais - Banco Interamericano de Desenvolvimento (BID), Banco Internacional de Reconstrução e Desenvolvimento (Bird) e outros, outras auditorias podem ser realizadas pelo TCE, sendo essas denominadas de "Auditorias Especiais".